El SNTN abarca las cuencas de los ríos Tabaconas, Miraflores y Blanco. Los dos últimos confluyen y forman el río Namballe, el cual desemboca en el Canchis, que a su vez vierte sus aguas en el río Chinchipe, al igual que el ríoTabaconas.

El río Tabaconas nace en el Cerro Negro, cerca del límite de los departamentos de Piura y Cajamarca, a más de 3000 msnm. Tiene un recorrido sinuoso y de pendiente pronunciada, que desciende más de 2550 metros.

En la cabecera del río Tabaconas se encuentran las lagunas Las Arreviatadas. Estas lagunas están rodeadas por altas
cumbres que se elevan por encima de los 4000 msnm, los macizos rocosos intrusitos y metamórficos fueron erosionados por la acción glacial, que permitió la formación de las lagunas, cuya existencia se mantiene gracias a las características climáticas del páramo.

Las cuencas los ríos Tabaconas, Miraflores y Blanco tienen un gran poder erosivo y socavan el lecho de sus cauces, dándoles características específicas según el grado de pendiente, longitud y forma. Se calcula que durante la época de lluvia el caudal de los ríos se incrementa aproximadamente en un 60%, con lo que el efecto erosivo también se magnifica, transportando no solo sustancias en solución, sino también partículas finas y cantos rodados (Meneses et al., 1987).