Hasta la evaluación biológica rápida efectuada en el Santuario y zonas aledañas (Amanzo et al., 2003) no se había realizado muchas investigaciones de la flora del Santuario Nacional Tabaconas Namballe propiamente dicho, aunque sí se habían
llevado a cabo varias expediciones en sus alrededores. Los registros y observaciones botánicas más tempranos en la región corresponden a A. Von Humboldt y A. Raimondi en el siglo XIX.

Tal como señalan Amanzo et al. (2003), los bosques montanos del norte del Perú tienen una alta diversidad; el gran número de especies endémicas halladas en ellos confirma su importancia. Por ejemplo, el libro "Flora Endémica de los Andes Nor-Peruanos" (Sagástegui, 1995; citado por Amanzo et al., 2003) lista 239 especies de plantas endémicas en los departamentos de La Libertad, San Martín, Cajamarca, Amazonas y Piura.

Igualmente, aunque aún existen muchos vacíos de información, un estudio llevado a cabo en losAndes del norte (Henderson, 1991; citado porAmanzo et al., 2003) concluyó que su diversidad de plantas fanerógamas es mayor a la de laAmazonía, a pesar de que su superficie cubre apenas el 5% del área amazónica. Solo en los bosques de Jaén y San Ignacio, un inventario forestal registró 135 especies de plantas (Jara, 1988; citado por Amanzo et al., 2003). El género Podocarpus es uno de los más representativos de los bosques montanos del norte.

La evaluación biológica rápida del Santuario y zonas aledañas realizada por Amanzo et al., (2003) registró 286 especies de plantas: 238 especies de fanerógamas y 48 de criptógamas, incluyendo una nueva especie de árbol del género Gynoxys de la familia Asteraceae (Ibid.: 142). Cabe mencionar que, tal como señalan los autores, los resultados son preliminares y se estima que el número de especies aumentará considerablemente al continuar las investi-gaciones.

Además, la evaluación biológica rápida concluyó que la familia Asteraceae fue la que presentó mayor riqueza, 26 especies, solo superada por las Pteridofitas (helechos), de las cuales se registraron 27 especies. La mayoría de las Asteraceaes se encuentran en el páramo del Santuario, situado por encima de los 3000 msnm, en donde alcanza su mayor densidad. También se registraron numerosas especies de Melastomatáceas (21 especies) y orquídeas (22 especies) (Amanzo et al., 2003: 35).

Asimismo, dicho estudio seleccionó, debido a su importancia, tres especies botánicas focales para la conservación del Santuario: el Podocarpus cf. oleifolius, árbol estimado por su madera y conocido comúnmente como "romerillo" o "saucecillo"; el Gynoxis sp. nov., árbol endémico del páramo; y la Cedrela cf odorata, árbol de gran tamaño, conocido como "cedro", muy apreciado por la calidad de su madera y que se encuentra entre la lista de especies amenazadas.