Las peculiares características geográficas del Santuario, tales como su localización
cercana a la depresión de Huancabamba y su cercanía a la línea ecuatorial, así como la
influencia de la corriente de Humboldt, han determinado condiciones muy particulares
para el desarrollo de especies endémicas, sobre todo de la entomofauna, cuya
capacidad de migración es más limitada. La depresión de Huancabamba no solo es una
barrera de dispersión entre la fauna andina del norte y del sur, sino también una ruta de
dispersión entre los hábitats secos a bajas altitudes del Pacífico y el valle del río
Marañón.
La información de especies de reptiles y anfibios es muy escasa en losAndes y cadenas
montañosas del Perú. Aún así, una lista preliminar de anfibios y reptiles de los
ecosistemas de páramo y selva alta de Cajamarca reportó 15 especies de anfibios y 10
especies de reptiles, los cuales son de ocurrencia probable en el Santuario Nacional
Tabaconas Namballe (Rodríguez et al., 1993; Carrillo e Icochea, 1995; Cadle, 1998;
citados por Amanzo et al., 2003). Cabe notar que los anfibios presentan una alta
sensibilidad a los cambios ambientales, tanto naturales como antropogénicos
(Stebbins y Cohen, 1995; citado por Amanzo et al., 2003), por lo que su estudio puede
convertirse en una valiosa herramienta para monitorear y evaluar los cambios en los
ecosistemas.
La avifauna local también ha sido muy poco estudiada. Sin embargo, una exploración
ornitológica en el sur de los Andes septentrionales llevada a cabo por la Universidad de
Lousiana en la década de 1990, registró más de 400 especies de aves y llegó a
importantes conclusiones: (a) que existe una diferencia del 100% entre la avifauna a los
3300 msnm y la que se encuentra a 2400 msnm; (b) que existe una diferencia del 100%
entre la avifauna de la vertiente oriental y occidental del Cerro Chinguelas; y (c) que es
probable que las especies del norte del Perú y el sur de Ecuador estén más
emparentadas entre sí que con las especies del sur del Perú.
En cuanto a los mamíferos, en el Perú se encuentran registradas 460 especies, 49 de
las cuales son endémicas. De estas últimas, solo un 14% (6 a 7 especies) se distribuye
en la vertiente occidental de los Andes y la costa. En el departamento de Cajamarca, la
investigación realizada por el CDC (1992) en los bosques de Jaen y San Ignacio,
cercanos al SNTN y con hábitats similares, registró 43 especies de mamíferos. Dos
especies importantes dentro del ecosistema de losAndes del norte y que se encuentran
en el Santuario son el oso de anteojos (Tremarctos ornatus) y el tapir de altura (Tapirus
pinchaque), ambos registrados en la lista de especies amenazadas de la IUCN 2002.
La evaluación biológica rápida del Santuario y zonas aledañas realizada porAmanzo et
al., (2003: 41-113 y142-3) registró las siguientes especies animales :
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Aves : 186 especies (31 más fueron registradas en los alrededores del Santuario). Los
grupos más diversos fueron las tangaras, con 32 especies; los atrapamoscas, con 23
especies; los picaflores, con 17 especies; y los horneros y colaespinas, con 14.
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Cabe notar
que en el ecosistema de páramo se registraron 61 especies, en el bosque premontano 97 y
en el bosque montano 68. La mayor abundancia de especies de aves en el bosque
premontano se debe a la gran heterogeneidad de especies vegetales. Además, el estudio
de Amanzo et al. determinó algunas especies endémicas para cada tipo de ecosistema :
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Lagunas LasArreviatadas (páramo): de 61 especies, 23 son endémicas.
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El Sauce (bosque premontano): de 97 especies, 12 son endémicas.
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Alto Samaniego (bosque montano): de 68 especies, 8 son endémicas.
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Mamíferos : 59 especies pertenecientes a 10 órdenes, 24 familias y 48 géneros. La mayor
diversidad de especies se registró en El Sauce (45 especies), mientras que en el Alto
Samaniego se registraron 13 especies y en las lagunas Las Arreviatadas 10 especies. De
las 45 especies registradas en El Sauce, dos especies posiblemente sean nuevas para la
ciencia: el murciélago frutero (Sturnira sp.), de la familia Phyllostomidae, y el ratón arrocero
(Oryzomys sp.), de la familia Muridae.
Asimismo, Amanzo et al. proponen las siguientes especies focales (ver 4.2) para la
conservación del Santuario: el tapir andino o de altura (Tapirus pinchaque), el oso de anteojos
(Tremarctos ornatus) y la musaraña marsupial (Caenolestes caninventer).
Como ya se mencionó, los resultados de la evaluación de la diversidad biológica del Santuario
son preliminares y, como indican los autores, es necesario continuar con los inventarios para tener un mejor conocimiento de la diversidad de especies.
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con el apoyo de : 
